Die chirurgische Gesamtabteilung verfügt über 43 Betten, zwei davon auf der interdisziplinären Intensivstation. Sie wird durch Chefarzt Dr. Andreas Limberger geführt und ist in die Abteilung für orthopädische Chirurgie & Unfallchirurgie sowie Allgemein- & Viszeralchirurgie aufgeteilt. Die organisatorische Leitung liegt in den Händen des geschäftsführenden Chefarztes, derzeit Dr. Andreas Limberger.

Die Chefärzte verfügen über die Weiterbildungsermächtigung für Chirurgie nach WBO 2004 für 2 Jahre Basischirurgie, 2 Jahre Orthopädie und Unfallchirurgie, 1 Jahr spezielle Unfallchirurgie sowie 3 Jahre Allgemein- & Viszeralchirurgie. Somit kann die Weiterbildung zum Facharzt für Allgemeine Chirurgie vollständig vermittelt werden. Das Kreiskrankenhaus ist Notarzt-Standort. Oberärzte und Assistenzärzte beteiligen sich auf freiwilliger Basis mit eigener Abrechnung. Für bestimmte Fortbildungsveranstaltungen wird Freistellung und finanzielle Unterstützung gewährt. Das Krankenhaus verfügt über die Zertifizierung nach DIN ISO und Qualitätssiegel Klinikmanagement. In der chirurgischen Abteilung ist ein Komplikationserfassungssystem incl. CIRS eingeführt.

Der WHO-Sicherheitsckeck im OP, regelmäßige Mortalitäts & Morbititäts-Besprechung und arbeitstägliche Indikationsbesprechungen werden praktiziert. Wir führen seit Jahren eine Infektionsstatistik und MRSA-Screening zusammen mit der Hygienekommission durch. Ein Sturz- und Dekubitus-Präventionsprogramm ist eingeführt.   Die Abteilung für orthopädische Chirurgie und Unfallchirurgie mit 25 Betten ist im Bedarfsplan des Freistaates Bayern aufgenommen. Das ärztliche Team besteht aus dem Chefarzt, 2 Oberärzten und 5 Assistenzärzten. In der Ambulanz werden Sprechstunden für Arbeitsunfälle und Privatpatienten angeboten. Die Notfallversorgung ist als Institutsleistung sowie die Behandlung von Arbeitsunfällen ist ständig gewährleistet.

Eine enge Zusammenarbeit besteht mit der Orthopädischen Praxis am Medizinischen Zentrum Schrobenhausen MVZ-GmbH (leitende Ärzte: Dr. med. Amir Hamed Shojaei und Hr. Bernd Spies). Ambulante Operationen werden gemäß §115 b SGB V durchgeführt. Auf Wunsch wird eine Hotelleistung für 45 € angeboten und beinhaltet Abendessen, Übernachtung und Frühstück. Die Patienten werden nach der Operation ärztlich und pflegerisch betreut und können am Vormittag des Folgetages nach einer Abschlussuntersuchung das Krankenhaus verlassen.

Im stationären Bereich werden alle gängigen konservativen und operativen Verfahren der Knochenbruchbehandlung, Handverletzungen und Fußchirurgie, Arthroskopien (Gelenkspiegelungen) und Operationen bei Gelenkschäden und Bandverletzungen, Wiederherstellungschirurgie mit Umstellungsosteotomien und Einbau von Kunstgelenken (Endoprothetik) an Hüft- und Kniegelenk, Frakturprothesen an Schulter- und Ellbogengelenk und  Kyphoplastie bei osteoporotischen Kompressionsfrakturen.

Im Rahmen der modernen Patientenversorgung werden zunehmend die einzelnen Krankheitsbilder mit der entsprechenden Therapie im Hause evidenz-basiert in Behandlungspfaden abgebildet. Standardisierte Vorgehensweisen führen zu einer Transparenz der Behandlung und zu einer hohen Patienten- und Ergebnissicherheit.   Der Abteilung für Unfallchirurgie und orthopädische Chirurgie ist die Physiotherapie-Abteilung mit 4 Physiotherapeuten angegliedert.

Es werden klassische Krankengymnastik, PFN-Technik, Massagen, Kälte- und Wärme-Therapie, manuelle Lymphdrainage und medizinisches Aufbautraining mit Geräten sowie spezielle Rückenschule angeboten.   Die Röntgendiagnostik incl. 64-Zeiler-CT und MRT wird durch die Praxis Drs. Boos&Moog am Kreiskrankenhaus Schrobenhausen durchgeführt. Das Kreiskrankenhaus Schrobenhausen ist als Lokales Traumazentrum im TraumaNetzwerk München Oberbayern Nord durch die Deutsche Gesellschaft für Unfallchirurgie und die CERT iQ zertifiziert. Ebenso besteht eine Zertifizierung als Alterstraumazentrum DGU und EndoProthetikZentrum.